引起胎儿自然流产的原因很多，但主要有以下10种：
1．孕卵异常
占自然流产的50%以上。孕卵异常是由于卵子或精子的缺陷，或两者均有缺陷所致。在妊娠早期，母体缺乏维生素、叶酸、透明质酸酶等重要物质，妨碍了孕卵的正常发青。受精时间距离排卵时间越长，孕卵异常的机会就越多。
2．前列腺素因素
有人在剖宫终止妊娠的羊水标本中发现，并不含前列腺F2 或F2a；而在自然流产的羊水标本中，这两种前列腺素浓度却很高，前列腺素样活性还存在于自然流产者的外周静脉血中。由此证明,自然流产时高频率的宫缩是内源性前列腺素所造成的。
3．染色体异常
自然流产的胎儿经染色体研究后发现有核型异常，而且还伴有胎儿或胎盘等一种结构上的异常。
4、内分泌失调
雌激素过多与孕酮不足。也是早期流产的原因。此外，甲状腺素缺少，使细胞的氧化过程遭受障碍，以及甲状腺功能亢进和糖尿病等，均可导致流产。
5．精神因素
紧张、恐惧和精神刺激，可引起流产。
6．胎盘异常
蜕膜炎可使底蜕膜出血或增生，绒毛上皮细胞和蜕膜细胞溶解，绒毛内血管阻塞，影响营养物质的吸收与运送，使孕卵从附着处分离、出血而流产。胎盘的巨大梗塞，可降低胎盘功能，影响胎儿生存，以致流产。前置胎盘、胎盘绒毛水肿变性也可致流产。
7．血型不合
由于以往妊娠或输血致Rh因子，不合的ABO血型因子在母体内产生抗体，此次妊娠由胎盘进入胎儿体内支红细胞凝集而产生溶血，以致流产。
8．生殖器官疾病
子宫畸形，如双角子宫、子宫腔纵隔等，常是流产的原因。子宫肌瘤，尤其是向子宫腔内发展的粘膜下肌瘤或嵌顿在骨盆腔中的卵巢囊肿，可影响胎儿发育而导致流产。子宫内口松驰，易造成习惯性流产。
9．绒毛间质胶原样病变
这种病变，可使绒毛血管退化，从而造成流产。
10．母亲罹患全身性疾病
如急性严重传染病、慢性疾病（严重贫血、心脏病、心力衰竭、慢性肾炎、严重高血压等）、维生素缺乏（尤其是维生素E缺乏），以及汞、铅、酒精等慢性中毒，均可造成流产。
