肾结石可能长期存在而无症状，特别是较大的肾结石。较小结石活动性大，小结石进入肾盂输尿管连接处或输尿管时，则引起剧烈的蠕动，以促进结石的排出，于是出现绞痛和血尿。
肾结石引起的疼痛可分为钝痛和绞痛。绝大多数病人，约40%～50%都有腰部和上腹部间歇发作的疼痛史。疼痛通常位于脊肋角、腰部或腹部，多数为阵发性，亦可为持续性疼痛。疼痛轻时，可能仅表现为腰部酸胀或不适，劳动可使疼痛发作或加重。肾结石绞痛是严重刀割样痛，常突然发作。疼痛常放射至下腹部、腹股沟、大腿内侧，女性放射至阴唇部位。肾绞痛发作时，患者呈急性面容，双手紧压腹部或腰部，甚至在床上翻滚，呻吟不已，发作常持续几小时，但也可几分钟即缓解。肾绞痛严重时，患者面色苍白，冷汗淋漓，脉细而速，甚至血压下降，呈虚脱状态，同时，恶心呕吐，腹胀便秘等，可误诊为急腹症。在绞痛发作时，尿量减少，绞痛缓解后，尿有增多现象。肾绞痛对症治疗后缓解，也可自行停止，但缓解后数日，仍感虚弱无力，腰部酸胀隐痛。
血尿是肾结石另一主要症状。疼痛时，常伴发肉眼血尿或镜下血尿，以后者居多。大量的肉眼血尿在肾结石是少见的，体力活动后，血尿可加重，肾结石偶可因无痛血尿就医。
肾结石患者可有尿中排出砂石史，特别在疼痛和血尿发作时，尿内可混有砂粒或小结石，结石通过尿道时，有堵塞或疼痛感，对有疼痛和镜下血尿疑为肾结石，X片未见钙化影时，应密切观察有无砂石排出，如收集到结石，需作分析，为今后防治作参考。
感染性结石除有通常肾结石的表现外，还有它自身的特点。感染性结石生长快，常呈大鹿角状，X线平片上显影，常伴有持续的或反复发作变形杆菌等致病菌的尿路感染史。1970年Fair报道，在结石裂隙内，甚至在结石核心，都藏有致病菌，抗菌药物不易达到该处而难以消灭它们，停止抗菌药物治疗后，这些幸存的细菌又死灰复燃，引起复发。如手术取石后仍有残余碎石遗留，则很快又长成鹿角状结石，因结石不易取净，尿路感染不能消除，以致这种结石复发率较高，终因结石并发梗阻和感染导致肾功能受损，还可继发肾出血，甚至因此行急症肾切除术。此类病人尿呈强碱性，镜下常有脓细胞及红细胞，尿培养有细菌生长。
